Zwischen 1949 und 1961 verließen rund 2,7 Millionen Menschen die DDR und Ost-Berlin, was die SED-Führung zunehmend in Schwierigkeiten brachte. Etwa die Hälfte dieses stetigen Flüchtlingsstroms waren junge Menschen unter 25 Jahren. Täglich passierten etwa eine halbe Million Menschen die Sektorengrenzen in Berlin in beide Richtungen und konnten so die Lebensbedingungen auf beiden Seiten vergleichen. Allein 1960 wanderten rund 200.000 Menschen dauerhaft in den Westen aus. Die DDR stand am Rande des sozialen und wirtschaftlichen Zusammenbruchs.
Noch am 15. Juni 1961 erklärte DDR-Staatschef Walter Ulbricht, man habe nicht die Absicht, eine Mauer zu bauen. Am 12. August 1961 verkündete der Ministerrat der DDR: „Um der feindlichen Betätigung der revanchistischen und militaristischen Kräfte Westdeutschlands und West-Berlins Einhalt zu gebieten, werden an der Grenze der Deutschen Demokratischen Republik, einschließlich der Grenze zu den Westsektoren Groß-Berlins, Grenzkontrollen eingerichtet, wie sie in jedem souveränen Staat üblich sind.“ Was der Rat verschwieg: Diese Maßnahme richtete sich in erster Linie gegen die eigene Bevölkerung der DDR, der der Grenzübertritt nicht mehr gestattet werden sollte. In den frühen Morgenstunden des 13. August 1961 wurden an der Grenze zwischen dem sowjetischen Sektor und West-Berlin provisorische Sperren errichtet und Asphalt und Kopfsteinpflaster der Verbindungsstraßen aufgerissen. Polizei- und Transportpolizeieinheiten sowie Mitglieder der „Arbeitermiliz“ standen Wache und wiesen den Verkehr an den Sektorengrenzen ab. Dass die SED-Führung für die Sperre einen Sonntag in den Sommerferien wählte, war wahrscheinlich kein Zufall.
Der Stacheldrahtzaun an der Grenze zu West-Berlin wurde in den nächsten Tagen und Wochen durch eine Mauer aus Betonplatten und Hohlblocksteinen ersetzt. Sie wurde von Ost-Berliner Bauarbeitern unter strenger Beobachtung der DDR-Grenzsoldaten errichtet. Die Häuser an der Bernauer Straße etwa, deren Gehwege zum Bezirk Wedding (West-Berlin) und die südliche Häuserzeile zu Mitte (Ost-Berlin) gehörten, wurden kurzerhand in die Grenzanlagen integriert: Die DDR-Regierung ließ die Hauseingänge und Erdgeschossfenster zumauern. Die Bewohner konnten ihre Wohnungen nur über den Hof erreichen, der in Ost-Berlin lag. Viele Menschen wurden bereits 1961 aus ihren Wohnungen vertrieben – nicht nur in der Bernauer Straße, sondern auch in anderen Grenzgebieten.
Von einem Tag auf den anderen trennte die Mauer Straßen, Plätze und Stadtteile voneinander und kappte den öffentlichen Nahverkehr. Am Abend des 13. August sagte der Regierende Bürgermeister Willy Brandt in einer Rede vor dem Abgeordnetenhaus: „Der Berliner Senat verurteilt öffentlich die gesetzeswidrigen und unmenschlichen Maßnahmen derer, die Deutschland spalten, Ost-Berlin unterdrücken und West-Berlin bedrohen…“
Am 25. Oktober 1961 standen sich am Ausländergrenzübergang Friedrichstraße (Checkpoint Charlie) amerikanische und sowjetische Panzer gegenüber, weil DDR-Grenzsoldaten versucht hatten, Vertreter der Westalliierten beim Betreten des sowjetischen Sektors zu kontrollieren. Aus amerikanischer Sicht war das Recht der Alliierten auf freie Bewegung in ganz Berlin verletzt worden. 16 Stunden lang standen sich die beiden Atommächte auf wenige Meter Distanz gegenüber, und die Menschen spürten die unmittelbare Kriegsgefahr. Am nächsten Tag zogen sich beide Seiten zurück. Dank einer diplomatischen Initiative des amerikanischen Präsidenten Kennedy hatte der sowjetische Regierungs- und Parteichef Nikita Chruschtschow den Viermächtestatus ganz Berlins zumindest vorerst bestätigt.
In den folgenden Jahren wurden die Sperranlagen modifiziert, verstärkt und weiter ausgebaut, das Kontrollsystem an der Grenze perfektioniert. Die Mauer, die durch die Innenstadt verlief und Ost- und West-Berlin voneinander trennte, war 43,1 Kilometer lang. Die Grenzanlagen, die West-Berlin vom Rest der DDR trennten, waren 111,9 Kilometer lang. Weit über 100.000 DDR-Bürger versuchten zwischen 1961 und 1988 über die innerdeutsche Grenze oder die Berliner Mauer zu fliehen. Mehr als 600 von ihnen wurden bei ihrem Fluchtversuch von DDR-Grenzsoldaten erschossen oder kamen auf andere Weise ums Leben. Allein an der Berliner Mauer starben zwischen 1961 und 1989 mindestens 140 Menschen.
